به گزارش سایت خبری ساعد نیوز به نقل از ایرنا، متن پیام حضرت آیت الله خامنه ای به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
دانشمند برجسته و ممتاز هسته ئی و دفاعی کشور جناب آقای محسن فخری زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم نظیر جان عزیز و گرانبها را به خاطر تلاش های علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست.
دو موضوع مهم را همه ی دست اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه ی بخش هائی که وی بدان ها اشتغال داشت.
اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخش های گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت میگویم و علو درجات او را از خداوند مسألت می کنم.
سیّدعلی خامنه ای
۸ آذرماه ۹۹