डेरियस ने फारस की खाड़ी के प्रमुख से भूमध्य सागर तक ग्रीक लोगों को स्थानांतरित करके फारस की समुद्री प्रगति में सुधार करने की कोशिश की। साइरस ने ग्रीक और मिस्र के बेड़े की लड़ाई के लिए फोनीशियन पर भरोसा किया था, और कैंबिस ने मिस्र की नौसेना को साम्राज्य की सेना में शामिल किया था। हालांकि, कई दशकों से, पर्शियन के सबसे ज़रूरी बात थे बेड़े के बारे में वो इसका झंडा। फारसियों ने विदेशी नौसेना के कमांडरों को उनकी सेवा में सामंजस्य बनाने के लिए बहुत कष्ट उठाया, लेकिन समय के साथ, विशेष रूप से डेरियस के सम्राट बनने के बाद, अधिक फारसियों ने जहाजों पर सेवा की और रैंकों में कमांडर और एडमिरल बन गए। आखिरकार, पूरा बेड़ा फारसी प्रशसंकों के हाथों में था और इसमें फ़ारसी, मेडे, और सिथियन नौसैनिकों के दल शामिल थे, जबकि फोनीशियन और मिस्र के लोग जहाजों और नाविकों को प्रदान करते रहे। ग्रीक शहर के साथ युद्ध- राज्य केवल धीरे-धीरे डेरियस की योजनाओं का हिस्सा बन गए। पूरे काल में फारस और यूनानी एक-दूसरे के संपर्क में थे, और एक समय पर एथेनियाई लोगों ने प्रतिद्वंद्वी ग्रीक राज्यों के खिलाफ फारसियों के साथ गठबंधन की मांग की थी। बदले में, एथेंस के दूतों को एथेंस पर फारसी सुजैन्यता को पहचानने की आवश्यकता थी। जब एथेंसियों ने अंततः समझौते को अस्वीकार कर दिया, तो फारसियों ने उन्हें विद्रोही विषयों के रूप में अच्छी तरह से माना हो सकता है। ग्रीको-फ़ारसी युद्धों की श्रृंखला का अनुमानित कारण, जो लगभग आधी शताब्दी तक व्याप्त रहा, हालाँकि, एशिया माइनर में आयोनियन यूनानियों के 499 ई.पू. में विद्रोह था। लगभग छह साल की खूनी जमीनी लड़ाई के बाद, डेरियस ने एक बेड़े को इकट्ठा किया जिसने 494 ई.पू. में एशिया माइनर के तट से इयानियन नौसेना को पराजित किया, शेष विद्रोही शहरों के भाग्य को अलग और सील कर दिया।
