हुलगु (1256-1265) ने ईरान को पूरी तरह से अपने वश में कर लिया था और इस्माइलिस, कुर्द, लूर और क्षेत्र के अन्य सभी विद्रोही तत्वों की सेना को नष्ट कर दिया था। उन्होंने 1253 में ईरान के विभिन्न शासकों को उनकी सहायता के लिए आने का आदेश देना शुरू किया, और धमकी दी कि जो लोग ऐसा करने में विफल रहे, उन्हें परिणाम भुगतने होंगे। उन्होंने किटबुका, एक नेस्टोरियन उइघुर को अपनी सेना की कमान सौंपी, जो ऐन जलुत की लड़ाई में अपनी मृत्यु तक मंगोल सेना के प्रमुख बने रहे। मंगोल एकजुट होकर लड़ रहे थे, क्योंकि कुछ समय के लिए यह उन सभी के हित में था। हुलगु ने गोल्डन होर्डे सहित पूरे साम्राज्य से टुकड़ियों को प्राप्त किया, और इस्माइलिस के किले पर हमला किया। बगदाद हुलागु का अगला लक्ष्य था। ईसाइयों के प्रभाव के बारे में सुनकर, खलीफा अल-मुस्ता'सिम ने कैथोलिकोस मारिखा द्वितीय (नेस्टोरियन चर्च के कुलपति) को उनकी ओर से हस्तक्षेप करने के लिए भेजा। दरअसल, हुलगु की मां, सरघघतानी बेकी एक ईसाई थीं, और उनकी पत्नी डोकुज़ खातुन भी। दोनों प्रभावशाली महिलाएं थीं, और इस अवसर पर, डोकुज़ खातून कैथोलिकों से मिल सकते थे और उनके अनुरोध पर खलीफा का समर्थन किया। हालाँकि, उसके ऐसा करने का कोई कारण नहीं था। खलीफा का जीवन दांव पर था, ईसाइयों का नहीं। इस प्रकार, शहर के पतन के तुरंत बाद, 1258 में, हुलगु ने खलीफा को मार डाला था। बर्क, जो हाल ही में इस्लाम में परिवर्तित हुआ था, के पास अब बहाना था कि वह हुलगु के साथ अपने संबंध तोड़ने का इंतजार कर रहा था। उसने अपने सैनिकों को हुलगु की सेना छोड़ने का आदेश दिया। यह मानने का कारण है कि बर्क का निर्णय न केवल उनकी धार्मिक मान्यताओं पर आधारित था, बल्कि हुलागु द्वारा नियंत्रित काकेशस और अजरबैजान में उनकी क्षेत्रीय महत्वाकांक्षाओं पर भी आधारित था।
हुलगु के इल-खानते के दौरान या अधिक सटीक रूप से, मंगोलों के इस्लाम में रूपांतरण से पहले, धर्म और राजनीतिक हित अभी भी दृढ़ता से जुड़े हुए थे। 1295 तक, ईरान के मंगोल शासक न तो ईसाई थे और न ही मुस्लिम, लेकिन यह उल्लेखनीय है कि राजनीतिक परिस्थितियों ने उन्हें विभिन्न धार्मिक गुटों का पक्ष लेने के लिए प्रेरित किया। बगदाद की बर्खास्तगी के दौरान यह विशेष रूप से स्पष्ट था। सूत्रों के अनुसार, बगदाद के ईसाइयों के जीवन और संपत्ति को बख्शा गया, और जाहिर तौर पर, शिया आबादी को भी शहर के सुन्नियों द्वारा झेले गए नरसंहार से बख्शा गया। मंगोल सेना में एक बड़ा ईसाई दल शामिल था, मुख्यतः जॉर्जियाई। मंगोलों को उनकी सहायता के लिए भीख नहीं माँगनी पड़ी, क्योंकि कुछ दशक पहले जलाल अल-दीन ख्वारज़मशाह के आक्रमण के दौरान जॉर्जियाई मुसलमानों की क्रूरता से काफी पीड़ित थे। उनके चर्चों को तोड़ दिया गया था और तिफ्लिस की आबादी का नरसंहार किया गया था। बगदाद की बर्खास्तगी के दौरान, मंगोलों ने जॉर्जियाई लोगों को मुसलमानों से बदला लेने का मौका दिया। यह समझा सकता है कि अधिकांश ईसाइयों को नुकसान क्यों नहीं पहुंचाया गया, लेकिन इसके अलावा, डोघुज़ खातून ने भी सभी ईसाइयों के लिए प्रतिरक्षा का अनुरोध किया था, यहां तक कि जो उसके जैसे नेस्टोरियन नहीं थे। हुलगु के दल में शियाओं का एक महत्वपूर्ण रक्षक भी था: खगोलशास्त्री नस्र अल-दीन तुसी। उन्होंने, अल-मुस्तासिम के शिया वज़ीर, इब्न अल-अलकामी के साथ, खलीफा के निष्पादन को प्रोत्साहित किया, लेकिन कहा कि शियाओं को बेदखल छोड़ दिया जाए।
