हारुन अल-रशीद के सत्ता में आने के साथ, ईसाइयों के लिए राहत की अवधि समाप्त हो गई। नए खलीफा ने धम्मियों के खिलाफ भेदभावपूर्ण उपायों को फिर से प्रस्तुत किया। बीजान्टियम के खिलाफ युद्ध को अल-रशीद के फैसले का मुख्य कारण बताया गया है, क्योंकि ईसाई एक बार फिर शासकों की नजर में संदिग्ध हो गए थे। इसका नतीजा गैर-मुस्लिम धर्मों से आगे का बचाव था। टिमोथी, जो उस समय भी पद पर थे, को अल-रशीद की माँ, अल-ख़यजारुन का समर्थन प्राप्त था। टिमोथी को या तो ईसाईयों के प्रति खलीफा के प्रतिवाद या अदालत के चिकित्सक, बोखतिशो से अपील करने की अपील करनी पड़ी, जो तब diagnosis प्रभावशाली निदान ’के बाद अल-रशीद के निजी चिकित्सक बन गए। वह अपने बेटे गैब्रियल के लिए अल-रशीद के चिकित्सक की स्थिति को सुरक्षित करने में सक्षम था, जो ईसाइयों के लिए एक मूल्यवान संपत्ति बन गया। कई अवसरों पर, उसने अपने सह-धर्मवादियों की ओर से हारुन अल-रशीद से संपर्क किया ताकि वह उसे अपने समुदाय के साथ मिलाने के लिए और भेदभावपूर्ण कानूनों को समाप्त कर सके।
इन अत्यधिक प्रभावशाली ईसाइयों का हस्तक्षेप, हालांकि उपयोगी था, हमेशा उनके समुदाय द्वारा सामना की गई सभी बाधाओं को दूर करने के लिए पर्याप्त नहीं था। हारून अल-रशीद के शासनकाल के पहले छमाही के दौरान ईसाइयों पर लगाए गए दबावों ने उनकी संख्या कम कर दी थी, और परिणामस्वरूप, टिमोथी अब नए पारिश्रमिक का निर्माण करने में सक्षम नहीं थे। 795 में, कैथोलिकों ने सर्म को एल्म के बिशप के रूप में नामित किया, यह उम्मीद करते हुए कि वह ईरान में ईसाई चर्च को संरक्षित करने में सक्षम होगा, लेकिन सर्ज पुजारियों को खोजने में सक्षम नहीं था। फ़ार्स में, टिमोथी और सर्ज ने कई बिशपों की अवज्ञा का सामना किया, जो टिमोथी के अनुसार, जरथुस्त्र के कानूनों और पैगनों (यानी मुसलमानों) के रीति-रिवाजों का पालन कर रहे थे। खलीफा के समर्थन को सुरक्षित रखते हुए, उसने उन्हें अपनी आवश्यकताओं के लिए मजबूर किया। बहरहाल, बार हेब्राईस ने गवाही दी कि उनके समय में फ़ार्स के ईसाई अभी भी प्रतिक्रियावादी थे और उनका व्यवहार ईसाई की तुलना में अधिक पारसी था। वे खुद को प्रेरित थॉमस द्वारा व्यक्तिगत रूप से परिवर्तित कर रहे थे और इस वजह से बगदाद के कैथोलिकों के अधिकार की अवहेलना करने का हकदार महसूस किया। उनके पादरियों ने विवाह किया, मांस खाया और जोरोस्ट्रियन पुजारियों के समान सफेद कपड़े पहने।
पितृ पक्ष और एल्म और फ़ार्स के ईसाइयों के बीच ईरान में ईसाइयों की कमजोर स्थिति प्रदर्शित करती है। टिमोथी की मौत के साथ नेस्टरियन चर्च की शक्ति और भी अधिक कम हो गई। दयाल और गिलान की सीटें उनकी मृत्यु से बच नहीं पाईं ।149 9 वीं शताब्दी में गड़बड़ी ने बड़ी संख्या में ईसाई ईरानियों को भारत के लिए ईरान छोड़ने के लिए प्रेरित किया। पहलवी और अरबी में लिखे गए दस्तावेज़ भारत के दक्षिण में 824 से पाए गए हैं, इन नए निवासियों को कुछ अधिकार प्रदान करते हैं। फार्स के ईसाइयों के व्यवहार और रीति-रिवाजों ने उनकी पारसी पृष्ठभूमि को धोखा दिया। इसके अलावा, भारत में ईरानी ईसाइयों के प्रवास से पता चलता है कि वे 9 वीं शताब्दी में ईरानी विद्रोहियों की हार के बाद इस्लाम के लिए बड़े पैमाने पर धर्मांतरण से प्रभावित थे।
