به گزارش پایگاه خبری ساعدنیوز، قصهٔ مجموعه «پایتخت 6» با فوت باباپنجعلی و اهدای اعضای بدن او آغاز می‌شود. بهبود فریبا پس از سال‌ها به ایران بازمی‌گردد اما ماجراهایی برایش پیش می‌آید که فهیمه را از شوهرش دلسرد می‌کند. بهبود در این فصل به بیماری سندرم دست بی‌قرار مبتلا است. بهتاش که در فصل 5 بیکار و آس و پاس بود، حالا دروازه‌بان باشگاه فوتبال نساجی مازندران شده‌است و به بازیکن فوتبال پیتر چک علاقه دارد و نقی معمولی هم سیاسی شده و راننده و محافظ شخصی نمایندهٔ مجلس است. هما همسر نقی هم گویندهٔ اخبار شده‌است. ارسطو با فردی به اسم کاووس ناخواسته وارد فروش مواد مخدر می‌شود و از خودرو نقی که رانندهٔ نمایندهٔ مجلس است، برای جابه‌جایی مواد استفاده می‌کند و در این بین رحمت‌الله قصد ازدواج با فهیمه را دارد.
اما از اتفاقات ثابت فصل های پایتخت می توان به عاشق شدن ارسطو اشاره کرد. ارسطو همچون فصل های قبل عاشق شده است. اما این بار عاشق دختری که در جوانی مورد علاقه نقی معمولی بوده و جواب رد به نقی داده است و هما و نقی هم به همین دلیل به سراغ طاهره دختر محمود نقاش می روند تا او را از ازدواج با ارسطو منصرف کنند و تقابل عشق قدیمی و همسر نقی سکانس جالبی را رقم می زند.
