برای دست یابی به اهداف آموزش قرآن در پایه ی سوم، کتاب آموزش قرآن این پایه در سه فصل تنظیم شده است. فصل اول: آموزش نماز؛ این فصل به آموزش قرائت نماز می پردازد تا دانش آموزان توانایی لازم را در خواندن صحیح اذکار نماز به دست آورند. این آموزش طی چهار هفته ی مهرماه و در هر هفته به میزان دو ساعت انجام می شود. فصل دوم: آموزش روخوانی قرآن کریم؛ به دنبال آموزش قرآن در پایه ی اوّل و دوم ابتدایی، در این فصل، کسب توانایی روخوانی قرآن کریم، مبتنی بر استمرار آموزش و تمرین و تکرار روزانه است؛ از این رو مطالب فصل دوم با تمرکز و انحصار در آموزش روخوانی قرآن، در ۳۳ روز پیاپی تدریس و تمرین می شود. فصل سوم: انس با قرآن کریم؛ فعالیت های آموزشی این فصل از کتاب برای تثبیت و تقویت مهارت روخوانی قرآن و هم چنین انجام برخی فعالیت های دیگر در جهت تقویت انس دانش آموزان با قرآن کریم تدوین شده است.
سرفصل های مطرح شده در این کتاب به شرح زیر می باشد:
- فصل اول: آموزش نماز
- فصل دوم: آموزش روخوانی قرآن کریم
- فصل سوم: انس با قرآن کریم
- قرآن در تابستان