چهل برج کلیسان یکی از مناطق دیدنی فلاورجان است که حتماً باید از آن دیدن کنید. این بنا یکی از نمونه‌های بسیار کمیاب از برج‌های کبوترخانه است. این برج به‌حدی زیبا و عظیم است که از آن با نام چهل برج یاد می‌کنند و در روستای کلیسان در نزدیکی فلاورجان قرار دارد. در گذشته کشاورزان با ساخت چنین بناهایی برای کبوترها، از کود آن‌ها برای کشاورزی استفاده می‌کردند.
مسجد جامع اشترجان یکی دیگر از بناهای دیدنی فلاورجان است. قدمت این مسجد به سال 716 و دوران سلجوقی باز می‌گردد. این مسجد حدود 1،500 مترمربع مساحت دارد. مسجد جامع اشترجان دارای دو درب ورودی یکی در جنوب‌شرقی و دیگری در شمال است. بر اساس کتیبه‌های تاریخی روی دیوارهای مسجد، خواجه فخرالدین محمد بن محمد اشترجانی آن را بنا کرده است. این مسجد در فرهنگ مردم فلاورجان اهمیت بسیاری دارد. نماز جمعه، نماز عید فطر و انواع مراسم عزاداری در این مسجد برگزار می‌شود.
بخش‌های اصلی خانه مؤیدی زفره در دوران صفویه بنا شده است. همچنین در دوران قاجار، بخش‌های دیگری را به آن اضافه کردند. آینه‌کاری‌های ریز و درشت طاقچه‌ها و طاق‌نماها بسیار زیباست و شما را مات هنر معماری ایرانی میکند. در این خانه به‌خوبی از اشکال هندسی کمک گرفته شده است و همین مسئله از نظر هنر معماری ارزش بسیاری دارد. مصالح به کار رفته در این خانه‌های قدیمی خشت و سنگ است و سقف بلند، دیوارهای ضخیم، نمای کاه‌گلی، در چوبی، حیاط مرکزی و واقع‌شدن ساختمان در سه طرف بنا از دیگر شاخصه‌های این منازل به شمار می‌آید. طاقچه‌ها و طاق‌نماهای موجود در این اتاق نیز با آیینه‌کاری‌های ریز و درشت به صورت اشکال هندسی طراحی شده است. دو ایوان بزرگ یکی در ضلع جنوبی و دیگری در ضلع غربی بنا ساخته شده و در هرکدام از آن‌ها دو ستون به ارتفاع 3٫5 متر وجود دارد که با تراش‌های بسیار زیبا از سنگ و گچ تزیین‌شده است این خانه از جاهای دیدنی فلاورجان می‌باشد.
بقعه پیربکران، محل دفن محمد بن بکران است. وی یکی از رجل معروف و از عرفای شیعه بود که در قرن هفتم هجری زندگی میکرد. او در آن دوران پیروان بسیاری داشته و حتی درباریان نیز به این فرد ارادت داشتند. به همین خاطر پس از مرگش دستور دادند تا پیکر او را در ایوان محلی که خودش در آن تدریس میکرد به خاک بسپارند. ساختمان اصلی این بقعه در حدود سال 670 هجری قمری ساخته شده است. در ساخت این ساختمان از سبک معماری دوران ساسانی کمک گرفته‌اند.
پل فلاورجان یکی دیگر از پل‌ها و آثار تاریخی این شهر زیبا است. این پل را مردم محلی با نام «پل ورگان» نیز می‌شناسند. بد پل ورگان، پل دو قوسی و منحنی روی زاینده‌رود است. قدمت این پل حدود 400 سال است و در دوران صفویه آن را احداث کرده‌اند. طول این پل 140 متر و عرض آن 7.5 است. دهانه این پل به روش جناغی و با کمک آجر ساخته شده است. به همین خاطر فشار آب را کنترل میکند و اجازه نمی‌دهد که آب فشار فراوانی به پایه‌های پل بیاورد.
مجموعه استراخاتون یکی از جاهای دیدنی فلاورجان است که اهمیت بسیاری هم دارد. این مقبره را با نام‌های استاره خاتون یا ستاره خاتون نیز می‌شناسند. بر اساس اسناد و شواهد تاریخی، این مقبره به شوشان‌دخت یا دختر یزدگرد تعلق دارد. بسیاری از باستان‌شناسان بر این باور هستند که قدمت این مجموعه تاریخی به حدود 2 هزار سال پیش باز می‌گردد.
پل بابا محمود یکی دیگر از آثار تاریخی و جاهای دیدنی فلاورجان محسوب می‌شود. این پل در سال 702 هجری و بر اساس برخی روایات در سال 712 هجری احداث شده است. گویا در آن دوران حاکم محلی منطقه، فردی با نام بابا محمود، این پل را بنا کرده است. این پل با طول 152 متر و عرض 5 الی 8 متر، به صورت کاملاً مهندسی‌ساز روی رودخانه قرار داده شده است. ارتفاع برخی از قسمت‌های پل به حدود 720 سانتی‌متر می‌رسد.
