به موجب قانون آیین دادرسی مدنی درصورتی که نظر کارشناس با اوضاع و احوال محقق و معلوم مورد کارشناسی مطابقت نداشته باشد، دادگاه به آن ترتیب اثر نخواهد داد.
بنابراین رای کارشناس در صورتی معتبر است که با شواهد و مدارک و اوضاع احوال موضوع مورد کارشناسی مطابقت داشته باشد.
قانون مجازات اسلامی نیز در رابطه با اعتبار نظریه کارشناسی در امور کیفری مقرر کرده است که: مواردی از قبیل نظریه کارشناس، معاینه محل، تحقیقات محلی، اظهارات مطلع، گزارش ضابطان و سایر قرائن و امارات که نوعا علم آور باشند، می تواند مستند علم قاضی قرار گیرد.
در هر حال، مجرد علم استنباطی که نوعا، موجب یقین قاضی نمی شود، نمی تواند ملاک صدور حکم باشد.
بنابراین رای کارشناس در امور کیفری همچون امور حقوقی در حد یک اماره قضایی اعتبار دارد، به این معنا که اگر نظریه کارشناسی برای قاضی علم آور باشد و قاضی را به یقین برساند، معتبر است و قاضی باید بر اساس آن رای صادر کند.
به طور کلی ارجاع امر به کارشناس به این معناست که موضوع پرونده جنبه تخصصی و فنی دارد و قاضی نمی تواند بدون نظر تخصصی کارشناس اقدام به صدور رای کند.به عبارت دیگر نظریه کارشناسی دلیل برای اثبات دعوی نیست بلکه از جمله امارات قضایی است که قاضی ممکن است به موجب آن اقدام به صدور رای نماید.
در نتیجه اگر نظریه کارشناسی با شواهد و مدارک دیگر همخوانی داشته باشد و به علم قاضی کمک کند، قاضی باید بر اساس آن رای دهد و در غیر این صورت قاضی می تواند نظریه کارشناسی را رد کند یا بر اساس سایر دلایل اقدام به صدور رای نماید.
در پاسخ به این سوال باید گفت که نظریه کارشناسی جزو ادله اثبات دعوی نیست که حقی را به نفع کسی ثابت کند و قاضی ناچار به صدور رای بر اساس آن باشد ، بلکه نظریه کارشناسی صرفا یک اماره قضایی است به این معنا که به علم قاضی برای صدور رای کمک می‌کند. در نتیجه چنانچه قاضی عدم تطابق نظر کارشناسی را با اوضاع احوال مورد کارشناسی و سایر قرائن موجود تشخیص دهد، میتواند خلاف نظر کارشناس رای صادر کند و الزامی برای پذیرش رای کارشناس از سوی قاضی وجود ندارد.
البته باید گفت که امکان اعتراض به رای قاضی که خلاف نظر کارشناس بوده است، وجود دارد و هر یک از طرفین دعوی با توجه به اینکه در کدام مرحله دادرسی قرار دارند می‌توانند از روش‌های اعتراض به رای صادره همچون واخواهی، تجدیدنظرخواهی، فرجام خواهی استفاده کنند.
پس از ارجاع امر به کارشناس مربوطه و اعلام نظریه کارشناسی، در صورتی که نظر کارشناس پذیرفته شود دادگاه بر اساس آن رای صادر می‌کند. اما در صورتی که موانعی برای پذیرش نظر کارشناس وجود داشته باشد امکان تبعیت قاضی از نظر کارشناس وجود نخواهد داشت.
البته گاهی در روند پذیرش نظر کارشناس ممکن است نقصی در نظریه کارشناسی وجود داشته باشد که مطابق قانون آیین دادرسی مدنی و کیفری با دستور مقام قضایی از سوی کارشناس برطرف می شود.
همچنین گاهی نیاز به ارائه توضیحات تکمیلی از سوی کارشناس می باشد و اگر کارشناس از حضور برای ارائه توضیحات امتناع کند، امکان صدور دستور جلب کارشناس وجود دارد.
در صورتیکه توضیحات تکمیلی ارائه شده کافی نباشد، قاضی قرار تکمیل کارشناسی صادر می کند و موضوع مجددا به همان کارشناس یا کارشناس دیگر ارجاع می دهد.
